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量子計算的相干性是量子並行運算的精髓，但在實際情況下，量子位元會受到外界環境的作用與影響，從而產生量子糾纏。量子相干性極易受到量子糾纏的干擾，導致量子相干性降低，也就是所謂的消相干現象。實際的應用中，無法避免量子位元與外界的接觸，量子的相干性也就不易得到保持。所以，量子消相干問題是目前需要解決的重要問題之一，它的解決將在一定程度上影響著量子計算機未來的發展道路。

解決完了量子干擾，還有量子糾纏。

量子作為最小的顆粒，遵守量子糾纏規律。即使在空間上，量子之間可能是分開的，但是量子間的相互影響是無法避免的。介於此，量子糾纏技術被聯想到量子資訊的傳遞領域。在一定意義上，利用量子之間飛快的交流速度從而實現資訊的傳遞。

而且量子平行計算也是一個難點。量子計算機獨特的平行計算是經典計算機無法比擬的重要的一點。同樣是一個n位的儲存器，經典計算機儲存的結果只有一個。但是量子計算機儲存的結果可達2n。其平行計算不僅在儲存容量上遠超越了後者，而且讀取速度快，多個讀取和計算可同時進行。正是量子平行計算的重要性，它的有效應用也成為了量子計算機發展的關鍵之一。

當然最難也是現在存在於所有技術之前的鴻溝，就是量子不可克隆。量子不可克隆性，是指任何未知的量子態不存在複製的過程，既然要保持量子態不變，則不存在量子的測量，也就無法實現複製。對於量子計算機來說，無法實現經典計算機的糾錯應用以及複製功能——也就是說，除非設計一臺百分之一百不可能會出錯的計算機，否則這個理論就無法實現。

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